Theo thiết kế, nhà ga ngầm S12 là ga cuối cùng trên trên tuyến đường sắt đô thị (ĐSĐT) Nhổn - ga Hà Nội, nằm gần Ga Hà Nội hiện nay, đặt ngầm dưới lòng đường khu vực Trần Hưng Đạo (Hoàn Kiếm).
Dự kiến, quá trình thi công ga S12 sẽ phải rào chắn đường Trần Hưng Đạo với tổng chiều dài 202m; đồng thời thu hẹp lòng đường đoạn từ nút giao Lê Duẩn đến đối diện tòa nhà ngân hàng Đại Dương còn lại 5m để tổ chức giao thông theo một chiều từ hướng Lê Duẩn đi vào Quán Sứ.
Trong thời gian rào chắn, Sở GTVT sẽ chủ trì, phối hợp với Công an Thành phố, UBND quận Hoàn Kiếm, Ban quản lý Đường sắt đô thị Hà Nội và các đơn vị liên quan thực hiện phương án tổ chức giao thông, phân luồng giao thông một cách linh hoạt nhất.
Theo chỉ đạo của UBND TP Hà Nội, phương án này phải tạo thuận lợi cho người và phương tiện lưu thông qua khu vực thi công. Đồng thời, các lực lượng chức năng, đơn vị thi công bố trí lực lượng trực để phân luồng, hướng dẫn giao thông.
Các phương tiện xe cấp cứu, xe chở bệnh nhân... có nhu cầu vào Bệnh viện tim Hà Nội được phép lưu thông 2 chiều trên tuyến đường Trần Hưng Đạo đoạn từ cổng Viện tim Hà Nội đến Quán Sứ. Với các toà nhà phía Bắc ga, để lối đi có chiều rộng trung bình khoảng 1,2m cho người đi bộ và phương tiện xe máy lưu thông 2 chiều.
Riêng khu vực đầu ngân hàng Vietinbank để lối đi rộng 3m. Khu vực đường Phan Bội Châu tạm thời rào lại, tổ chức giao thông cục bộ cho người dân khu vực thuộc tuyến đường từ Phan Bội Châu - Lý Thường Kiệt - Trần Hưng Đạo.
Đại diện Trung tâm điều hành giao thông đô thị Hà Nội cũng cho biết đã nghiên cứu, điều chỉnh 2 tuyến buýt 03A, 11 đi theo lộ trình: Trần Hưng Đạo - Quán Sứ - Lý Thường Kiệt - Lê Duẩn; Giữ nguyên 2 tuyến là tuyến số 38 và tuyến Bảo Yến đi theo hướng Lê Duẩn - Trần Hưng Đạo. Sau thời gian vận hành thử từ 5 - 10 ngày, khi giao thông đi lại ổn định thì tiến hành rào chắn chính thức.
